在绝大多数的试管婴儿周期中，由于超促排卵，会产生多个胚胎。为提高活产率、减少多胎妊娠率，一般选择1-3个最好的胚胎进行移植。多余胚胎被冷冻保存。选择好的胚胎会对提高试管婴儿的成功率起到至关重要的作用。
如何选择好的胚胎？有两种方法：
胚胎选择最常用的方法为形态学评估，但依据形态学筛选后适合移植的胚胎不超过总数的35%。
另一种胚胎选择的方法为移植前的基因筛选(PGD)。经典的PGD是取第3天胚胎中的一个细胞荧光原位杂交(FISH)进行染色体非整倍体分析，选择染色体为整倍体的胚胎进行移植。
第一：胚胎的生长速度
胚胎的发育是精子和卵子在混合后的16-20个小时，卵子出现雌雄两个原核，24-26小时候分裂成二细胞，44-48小时为四细胞，64-72小时则为6-8细胞，105-110个小时后就会变成囊胚。我们现在进行的试管代孕婴儿的治疗，一般都在取卵后的2-3天左右进行，这时的胚胎应该是2-6细胞或者4-8细胞的，如果胚胎没有达到这个数目或者生长的过快，就是移植胚胎额种植率也会很低的。
第二： 胚胎中卵裂球的形态
卵裂球的形态就是胚胎中每个细胞的大小是否一致，形状是否相似，是否相互对称。首先我们选择的就应该是大小一致、形状对称的胚胎，这些也是我们常说的优质胚胎。同样的也有人认为，可以通过观察受精后16-20小时卵子出现的雌雄两个原核的形态来判断是否是优质胚胎。
第三：胚胎中的碎片多少
许多的试管婴儿医院，把碎片体积少于总体积5%的胚胎认为是最好的，25%以下都为可以用的，50%以上的都是不能进行移植的。国外有的生殖中心会通过显微操作的方式把胚胎中的碎片抽取出来，然后再进行胚胎的移植，认为这样可以提高胚胎的种植率。但是现在为止比较一致的看法还是尽量选择小而少的胚胎，这样的胚胎有利于移植后的成活。
而多数的失败是由于胚胎本身染色体的异常引起的，夫妻染色体异常，会使胚胎长到一定的阶段就停止，即使是年轻的女性做试管婴儿重复的失败机会也是很高的。如果在植入前能够为一个或者两个细胞做检查，就可以清理胚胎着床失败的原因 。
