试管婴儿移植后若长时间便秘肯定是会影响胚胎正常着床的，因为便秘会导致大便难以排出，从而在直肠内堆积，并增加腹压，而便秘时间越长，腹压便会越严重，因此便会使子宫受到压迫，所以便很可能会导致胚胎在子宫内正常着床。